Diplomato in Tecnica del Suono presso il Centro Sperimentale di Cinematografia nel 1994, dopo aver lavorato come microfonista e vari cortometraggi e spot pubblicitari, tra cui uno diretto da Spike Lee, comincia la sua carriera da fonico per il cinema.
Tra i tanti lungometraggi di cui ha curato il suono: Luna rossa, diretto da Antonio Capuano, in concorso al Festival del Cinema di Venezia 2001; Ballo a tre passi, diretto da Salvatore Mereu, vincitore della Settimana della Critica al Festival di Venezia e del David di Donatello come Miglior Regista Esordiente nel 2004.
Ha collaborato con la Indigo Film per i film: Le conseguenze dell’amore, regia di Paolo Sorrentino (selezione ufficiale al Festival di Cannes), per il quale vince il Ciak d’oro e ottiene la prima candidatura al David di Donatello per il Miglior Sonoro in Presa Diretta nel 2005; La guerra di Mario, regia di Antonio Capuano, candidato ai Nastri d’Argento per la Migliore Presa Diretta nel 2007; L’amico di famiglia, regia di Paolo Sorrentino (selezione ufficiale al Festival di Cannes), per il quale si aggiudica il Ciak d’oro per la Miglior Sonoro in Presa Diretta nel 2007; Il divo, regia di Paolo Sorrentino, nomination al David di Donatello e ai Nastri d’Argento come Miglior Suono in Presa Diretta nel 2009; La grande bellezza, regia di Paolo Sorrentino, vincitore del Premio Oscar per il Miglior Film il Lingua Straniera, per cui vince il Nastro d’Argento come Miglior Sonoro in Presa Diretta nel 2013.

Nell’ambito del corso di regia cinematografica Tracce, Emanuele Cecere commenta, dal punto di vista del suono, brani di film classici e di film a cui ha partecipato. Nel corso di altre lezioni, guida i corsisti, a rotazione nei ruoli di fonico e microfonista, in esercitazioni pratiche in interni ed esterni.